Dilatarbelakangi oleh masalah kesehatan dan keuangan yang diakibatkan kesehatan pada mahasiswa UGM, maka pada tahun 1999dengan dipelopori oleh Prof.DR.Moch.Anwar SPOG(K) sebagai Wakil Rektor Bidang Akademik UGM, dibentuklah tim yang bertugas merancang sistem jaminan pelayanan kesehatan UGM, yang terdiri dari : dr.Ali Ghufron Mukti M.Sc,Ph.D, dr.Laksono Trisnantoro M.Sc,Ph.D, dr.Adi Heru Sutomo M.Sc, drg.Yulita Hendrartini M.Kes, dra.Yayi Prabandari M.Si, dll.

Walaupun awalnya mendapatkan penolakan dari mahasiswa UGM, tahun 2000 GMC didirikan dengan peserta awal adalah mahasiswa baru, dan diipmpin oleh : DR.Ali Ghufron Mukti M.Sc,Ph.D, drg Yulita Hendratini M.Kes, dr.Sigit Riyarto M.Kes.

Tanggal 17 Januari 2001 gedung baru GMC diresmikan oleh Prof.DR.Ichlasul Amal ( Rektor UGM ) di Bulaksumur blok H no 6 Yogyakarta.

Periode tahun 2000 – 2003, GMC masih bekerjasama dengan PT Aske, dengan premi Rp. 25.500/mahasiswa/semester

Periode tahun 2003 – sampai sekarang, GMC sudah mandiri dan mengalami perkembangan pesat dari segi jumlah peserta, dimana peserta GMC sekarang terdiri dari mahasiswa UGM, karyawan honorer UGM dan PNS UGM.Perkembangan juga terjadi di pelayanan, dimana pelayanan GMC sekarang bertambah dengan adanya pelayanan Dokter Spesialis, Gizi, Psikolog, Berhenti merokok dan Fitness center.